医療法人は、資金の調達と、スムーズな事業承継を目的に創設された医療法上の制度です。従って、この二つのいずれかのメリットがあるかどうかが、法人化を決断する際の最大のポイントとなります。

医療法人を設立した場合は、付随的なものとして、節税等の数々のメリットがありますが、付随的なものだけに目を奪われていては、正しい判断は出来ません。

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医療法人制度の制定目的でもあります。出資者から資金を集めるのを容易にすることで、医療の充実を図ることが出来ます。

例えば、親族が診療所経営に必要な資金を提供する場合、贈与税が課税され、遺産の場合は相続税の対象となります。しかし診療所を法人化しておけば、法人への資金の拠出という形を取ることが出来るので、多額の税金を納めることなく資金を調達出来ます。

個人診療所の場合は、一度廃院してから後継者が新たに開業の手続を行わなければなりません。診療所経営に必要な資産は、相続財産となり、相続税が課税されます。

一方、医療法人の場合は、後継者が役員と社員になり、理事長および管理者を後継者に変更するだけで済みます。

診療所の利益を、個人所得（役員報酬）と法人所得に分散することが出来ます。所得税の税率は最高５０％ですが、法人所得は約３５％の税率となります。

また報酬として受け取る個人所得には、個人診療所にはない給与所得控除が認められ、課税所得がその分減額されます。

法人所得部分では、個人診療所では必要経費として認められなかった支出が、損金扱いになります。

勇退時に退職金を受け取ることが出来ます。退職金は他の所得と違って、退職所得控除や１／２課税があり、税制面で優遇されています。個人医院が退職金を経費として認められないのとは大きな違いです。ただし、損金算入が認められるためには、金額が妥当である必要があります。

例えば　　　給与月額×勤続年数×功績倍率　

法人化して家計と法人会計が明確に分離されることにより、社会的信用がアップし、金融機関からの融資が受けやすくなります。